KredEx был создан по решению Министества экономики и коммуникаций в июле 2000 года. Днем рождения организации считается 26 февраля 2001 года, когда с KredEx были объединены  Ekspordi Krediteerimise ja Garanteerimise Sihtasutus, Ettevõtluse Krediteerimise Sihtasutus и Sihtasutus Eesti Eluase. KredEx принял в распоряжение имущество и обязательства этих организаций, прекратил выдачу кредитов и сосредоточил свою деятельность на выдаче гарантий.

В 2001 году основной деятельностью KredEx являлось  изменение и дополнение перечня оказываемых услуг и уточнение адресных групп. Было продолжено предложение поручительств по жилищному кредиту для молодых семей, а также экспортных гарантий, в течение года была разработана новая услуга - поручительство для молодой семьи по кредиту на приобретение квартиры или дома.

В 2001 году KredEx начал предлагать гарантии по кредитам для малых и средних предприятий, а с последнего квартала также гарантии по лизингу и гарантии для предприятий, начинающих свою деятельность.
 
В 2001 году KredEx впервые участвовал во встрече Пражского клуба, организованной союзом учреждений государственного кредитования  Berne Union, где принял участие в деятельности рабочих групп. Также было принято участие в работе группы развития предпринимательства стран Балтии при OECD.

С 2001 года KredEx является членом Союза европейских организаций гарантирования  AECM.