KredEx loodi Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi poolt 2000. aasta juulis. Organisatsiooni sünnipäevaks loetakse aga siiski 2001. aasta 26 veebruari, mil KredEx ühendas endaga Ekspordi Krediteerimise ja Garanteerimise Sihtasutuse, Ettevõtluse Krediteerimise Sihtasutuse ja Sihtasutuse Eesti Eluase. KredEx võttis üle endiste sihtasutuste varad ja kohustused, lõpetas laenude väljastamise ning asetas põhirõhu garantiitegevusele.

2001. aastal oli KredExi põhirõhk suunatud tootetingimuste ja sihtgruppide muutmisele ja täiendamisele. Jätkati noore pere eluasemelaenu käenduse ja ekspordigarantii pakkumist ning aasta jooksul toodi uue tootena turule noore oma kodu ja kortermaja laenukäendus.

2001. aastal hakati väike- ja keskettevõtete pakkuma ettevõtluse laenukäendust, millele viimases kvartalis lisandusid liisingu ja alustavale firmale mõeldud laenugarantii.

2001. aastal osales KredEx esimest korda riiklike ekspordikrediidi garanteerijate organisatsiooni Berne Unioni poolt korraldatud Praha Klubi kohtumisel ja töögruppides. Samuti võttis KredEx osa OECD Baltikumi ettevõtluse arendamise töörühma tööst.

2001. aastat alates on KredEx Euroopa garantii organisatsioonide liidu AECM liige.